导语
Western 免疫印迹(Western Blot)是将蛋白质转移到膜上,然后利用抗体进行检测。对已知表达蛋白,可用相应抗体作为一抗进行检测。WB实验中会出现各种问题,实创生物公司专注于免疫组化和WB服务多年,对 WB 实验有一定了解,今天跟各位同学一起分享下 WB 实验中各种问题及应用对策。
目的蛋白信息查询
正式实验前要查清楚目的蛋白的信息,如丰度,定位和多级结构等
如目的蛋白含量低,我们需要更大的上样量,更灵敏的ECL显色试剂;如细胞定位于细胞膜上或核內,我们需要更强的裂解液;有的蛋白有二聚体,有的蛋白是由几个多肽片段由二硫键结合,这需要相对应的裂解液和loading buffer。
根据这些信息,我们要选择合适的蛋白提取试剂,loading buffer和ECL显色试剂等关键性试剂。另外根据目的蛋白分子大小,选择购买合适的膜。
抗体信息查询
抗体发展从多抗到兔单抗,还发展到噬菌体展示的抗体,抗体品质一步步提高。一般来说,抗体选择就低不就高,如果兔多抗效果很好,就没必要特意去追求单抗,国产的不错就不用去买进口的。
抗体选择要点:种属范围和应用范围,满足要求就达到第一步了;第二步看提供的参考图片和文献,使用越多越可信。
没有符合要求的抗体怎么办?第一步看同源性,不同蛋白不同种属同源性不同,同源性高可选择抗其他种属的抗体;第二部看制抗体方法,如选择的多肽片段做的抗体,这个片段高度保守,可选择抗其他种属的抗体。
准备工作做好了,正式实验步骤如下:
蛋白抽提:RIPA裂解液
蛋白定量:BCA法
SDS-PAGE:50V跑浓缩胶,120V跑分离胶
转膜:110V湿转膜1-2小时
敷一抗:分别用5%脱脂奶粉PBST溶液,按说明书稀释一抗,4度过夜
洗膜:PBST,5minX3次
敷二抗:分别用5%脱脂奶粉PBST溶液,按说明书稀释二抗,室温1小时
洗膜:PBST,5minX3次
检测:化学发光法(曝光5s-5min)
Q1: 分离胶浓度选择问题
A:分离胶浓度从6%-15%很宽,不用死守某个范围(如8%胶30-90KD),合适就好,用不同厂家试剂配制的分离胶,8%胶电泳分离情形并不相同。如果我们同时跑几个蛋白,然后裁膜分别检测,一定要综合考虑胶浓度。
Q2: 多个指标同时检测的问题
A:有多个指标要检测,想裁膜一下都做上。这时要综合考虑个指标的情形:分子量相差大不大,丰度相差大不大,还有的要考虑蛋白的多级结构,根据这些情况选择合适的上样量和分离胶浓度。举个栗子:同时p53(53KD)和ROS1(75KD),他们含量差距极大,如果满足ROS1的上样量,那么p53过载了,内参更是分不出了,这情况下不要选择一张膜。
Q3: 条带大小不对
A:1、充分调查目的蛋白的结构信息,蛋白多级结构,或多种剪接形式或后期糖基化加工等多种原因,都会对蛋白大小有影响。2、调查裂解液的问题,看是不是最合适的裂解液,有的过强把目的蛋白打断,有的过弱,有蛋白复合体。
3、调查抗体的问题,不同方法制做的抗体,检测蛋白形式可能不同。
Q4: 杂带和背景?
A: 排除条带大小不对后,杂带一般是抗体问题,仔细挑选口碑好的抗体。背景一般是敷抗体过程的问题,多洗膜。
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附:实验常见问题和解决方法
问题 | 可能原因 | 建议 |
电泳条带成笑脸状 | 胶不均匀冷切,中间冷却不好,电泳系统温度偏高 | 减少电压减慢电泳速度,在冷室或者冰浴中进行电泳 |
电泳条带成皱眉状 | 可能是由于装置不合适,特别可能是凝胶和玻璃挡板底部有气泡,或者两边聚合不完全 | 调整装置 |
拖尾 | 样品溶解不好 | 样品充分溶解混匀后上样 |
纹理(纵向条纹) | 样品中含有不溶性颗粒 | 样品充分搅拌混匀 |
条带偏斜 | 电极不平衡或者加样位置偏斜 | 调整电极和加样 |
条带两边扩散 | 加样量过多 | 适当减少上样量 |
Marker 变黑色 | 抗体和 Marker 蛋白反应 | 在 Marker 和 sample 之间空出一个孔不上样 |
背景高 | 膜封闭不够 | 延长封闭时间,选择最适宜的抗体稀释度 |
一抗稀释度不适宜 | 对抗体进行滴度测试,选择最适宜的抗体稀释度 | |
一抗孵育的温度偏高 | 建议 4℃结合过夜 | |
二抗浓度度过高 | 降低二抗浓度 | |
二抗的非特异性背景 | 增加一个阴性对照 | |
选择膜的问题 | 硝酸纤维素的背景会比 PVDF 膜低 | |
膜在实验过程中干过 | 实验过程中要注意保持膜的湿润 | |
检测时曝光时间过长 | 注意曝光时间的缩短 | |
洗膜不充分 | 增加洗膜的时间和次数 | |
抗体和封闭蛋白有交叉反应 | 选择无交叉反应的封闭剂 | |
杂带较多 | 目的蛋白有多个修饰位点(磷酸化位点,糖基化位点,乙酰化位点等),本身可以呈现多条带 | 查阅文献或进行生物信息学分析,获得蛋白序列的修饰位点信息,通过去修饰确定蛋白试剂大小 |
目的蛋白有其他剪切本 | 查阅文献或生物信息学分析可能性 | |
样品处理过程中目的蛋白发生降解 | 裂解液中加入蛋白酶抑制剂,样品处理在冰上进行 | |
上样量过高,太敏感 | 适当减少上样量 | |
一抗不纯 | 纯化抗体 | |
一抗特异性不高 | 重新选择或制备高特异性的抗体 | |
二抗的非特异性结合 | 增加一个二抗对照,不加一抗,其他操作过程不变,即可验证背景是否是由于二抗所致。可选择其它二抗(特异性更强的,只针对重链) | |
蛋白条带位置 | 二聚体或多聚体存在 | 增加蛋白质变性过程及强度 |
翻译后剪切 | 比如很多蛋白是以前体蛋白的形式合成的,在执行功能时需要进行剪切成活化的形式 | |
相对电荷 | 氨基酸电荷的组成 | |
蛋白修饰 | 比如糖基化、磷酸化等修饰状态会导致蛋白分子量增加 | |
胶浓度 | 不同浓度的胶跑出的蛋白条带的位置可能有所偏差 | |
无蛋白条带 | 抗体孵育不充分 | 增加抗体浓度,延长孵育时间 |
HRP酶失活 | 直接将酶和底物进行混合,如果不显色则说明酶失活了。 | |
标本中不含靶蛋白或靶蛋白含量太低 | 设置阳性对照。 | |
二抗与一抗不匹配 | 选择针对一抗来源种属的抗体 | |
蛋白条带信号弱 | 抗体孵育不充分 | 增加抗体浓度,延长孵育时间 |
酶活性降低 | 直接将酶和底物进行混合,如果不显色则说明酶失活了。选择在有效期内、有活性的酶联物 | |
洗膜过度 | 洗膜时间不宜过长 | |
标本中靶蛋白含量太低 | 增加样本上样量 | |
抗体活性降低 | 选择有效期内的抗体,工作液现配现用,避免长时间放置 | |
蛋白转移不充分 | 可以用丽春红染膜幷结合染胶(考马斯蓝)后确定条带是否转移到膜上或转移过度,适当调整转膜的时间和电流 | |
封闭过度 | 减少封闭剂的量或缩短时间,换用不同封闭剂类型 | |
曝光时间过短 | 延长曝光时间 | |
HRP 抑制剂 | 所用溶液和容器内避免含有叠氮化钠 | |
背景有黑色斑点 | 抗体与封闭试剂反应 | 使用前过滤封闭试剂 |
HRP 偶联二抗中有聚集体 | 过滤二抗试剂,去除聚集体 | |
暗背景上白色带 | HRP 含量过高 | 降低酶联二抗的浓度 |
背景有不均匀的白色斑点 | 转膜过程中有气泡存在 | 仔细检测,避免存在气泡 |
抗体分布不均匀 | 孵育抗体时使用摇床 |
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